La película plantea que en el futuro, tras una dura guerra, casi todos los seres humanos han sido esclavizados por las máquinas y las inteligencias artificiales creadas. Estas los tienen en suspensión y con sus mentes conectadas a una realidad virtual llamada "Matrix" que representa el final del siglo XX. Los seres humanos son usados por las máquinas para obtener energía y las pocas personas que no están suspendidas, o que han sido liberados, viven en la ciudad Zion y tienen naves que se mueven por el subsuelo, entrando de forma clandestina a la Matrix para liberar otras personas conectadas.
Morfeo (Laurence Fishburne), cree que hay alguien en Matrix que es El Elegido, la persona que acabaría con la guerra, con las máquinas, según una profecía. Morfeo se fija en Neo (Keanu Reeves), un pirata informático que vive atrapado en Matrix, creyendo que él puede ser el elegido. Neo es liberado gracias a la acción de Trinity (Carrie-Anne Moss), miembro de la tripulación de Morfeo, pero a la vez es perseguido por los personajes virtuales creados por programas de la Matrix, los agentes, liderados por Smith (Hugo Weaving), que pretenden acceder a los computadores de Zion gracias a la traición de otro subordinado de Morfeo, Cypher. Los agentes consiguen capturar a Morfeo, y Neo es forzado a rescatarle arriesgando su vida. Al final de la primera película Neo se revela como El Elegido y acaba con Smith.
En las siguientes entregas, la acción se divide entre la realidad, donde las máquinas deciden atacar directamente Zion, y el mundo virtual, donde Smith está infectando la Matrix como un virus.6
No tomarla literalmente.
